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注册过程分三个阶段
第一阶段：申请阶段
第二阶段：审查阶段
第三阶段：注册阶段
第一阶段：申请阶段
在申请阶段中，申请人首先需要明白申请商标的图样或文字以及希望指定的类别及商品和/或服务。然后，需要选择适合的专利商标事务所。在委托到日本专利商标事务所时，通常将下述信息给到对方即可。
申请阶段信息清单：
1）申请人名称地址（中文或者英文）
2）指定类别及商品/服务
3）商标图样（若商标为无设计的纯文字，无需将其图片化，仅用文字表现即可）
4）优先权文件（如有）（优先权文件可于申请日起三个月内后补）
在申请阶段，一般而言，无需申请人提交事务所委托书及主体资历证明等文件。
提交申请后，日本专利局首先会给出申请号，并公开申请。在形式审查有无文件缺点后即进入本质审查阶段。
日本专利局接收一标多类的申请，申请阶段官方费用为首类别12,000日元，第二类别起每类别8,600日元。
第二阶段：审查阶段
依据审查结果发出不予注册或同意注册的通知。
如果申请人收到驳回通知后未予回答，日本专利局将发表驳回决议。申请人也可以选择回复驳回通知，并提交看法和/或补正书。收到申请人提出的看法书和/补正书之后，日本审查员持续审查或者直接给出驳回决议。如果收到驳回决议，申请人也可以选择持续提交复审请求。
如上所述，日本专利局接收一个准则和多个类别的申请，并且对指定商品/服务的数目没有限制。但需要注意的是，如果指定商品/服务的规模太广，审查员很容易质疑该商标是否会被实际应用或计划应用，然后发出驳回通知。
在没有驳回通知的情形下，从申请到收到注册同意通知大约需要6至8个月的时间。
第三阶段：注册阶段
申请人收到核准通知书后，应该自收到登记核准通知书之日起30日内缴纳登记费。申请人缴纳费用后将获得注册，日本专利局将发表商标公告。除一次性缴纳10年的费用之外，在商业前景并不显著的情形下，申请人也可以选择仅缴纳5年的费用。
注册阶段费用明细：
1）10年保护期官方费用为28,200日元／类别
2）5年保护期官方费用为16,400日元／类别
基本上，缴纳注册费后一个月内会下发注册证。
注册后一个月内，日本专利局将发表商标公告。发行之日起2个月内，任何人均可提出异议申请。
